Площадь озера изменчива, в среднем — 344 км², длина — более 100 км, ширина — до 10 км и более, глубина — до 3,5 – 4 м и более (средняя 2,6 м), вода горько-солёная. До строительства Пролетарского водохранилища (1939—1941 годы) размеры озера колебались. В отдельные годы озеро высыхало почти полностью — по его сухому и гладкому дну в 1926 году ездили автомобили. В многоводные годы, наоборот, длина и глубина озера увеличивалась.

Озеро Маныч-Гудило расположено на соленосных глинах, поэтому его вода сильно минерализована. При усыхании озера соленость воды увеличивается, и превышает соленость морской воды.

На озере имеется несколько островов. На одном из них, Водном (длина — 12 км, ширина — до 4 км), уже более 50 лет обитает табун одичавших лошадей. Сейчас их более 300. Вольный табун стал одной из достопримечательностей государственного природного заповедника «Ростовский». Так как на острове нет источников пресной воды, то водопой лошадей в летнее время, когда температура воздуха достигает +30 – +40 градусов, ведется сотрудниками заповедника.

В прошлом озеро вызывало удивление и страх местных жителей из-за раздающегося над ним таинственного гула. Он возникает при отражении от крутого берега больших волн, поднимающихся при сильных ветрах, к этим звукам присоединяется завывание ветра в оврагах северного берега.